Poco puede apuntarse sobre el origen de la Cofradía del Señor San Juan de Labradores. La memoria de 1758 nos habla de un pergamino en el que se leía "... en el año del Señor mil cuarenta y cuatro..." del que pendía un sello de cera encarnada. Nada se sabe de este pergamino en la actualidad.

Respecto al Hospital que regentaban, y en otro apartado de la misma Memoria, puede leerse que tuvo su origen " ...de cierto número de familias de cristianos viejos de aquellos primeros pobladores que en tiempos del Rey Don Alfonso el primero de Aragón, después de haber conquistado este territorio, les hizo donación de él a quienes por más valerosos y distinguidos en destreza y armas...", ( 24-6-1120).

Estas familias a las que se refiere la Memoria fueron bastantes. En 1731, con motivo de redactarse unas Constituciones, se citaban ocho: Aranda, Herrer, Pastor, Pelijero, Moros, Novella, Torcal y Sadornil. Pocos años más tarde, en 1739, al hacerse una modificación en las Constituciones, ya habían desaparecido de Calatayud dos de los apellidos: Aranda y Pastor. En la actualidad quedan cuatro familias de las originarias: Herrer, Moros, Torcal, y Pellejero (Pelijero). Las demás o se han extinguido o han emigrado.

Se conoce otro documento, que data del año 1445, en el que el cofrade Florén Pérez de Pamplona y su esposa María Pérez de Liñán efectúan una donación para el traslado del antiguo Hospital. Por último, las constituciones de 1512 vienen firmadas por el preboste Antón de la Gasca, con lo que aparece un nuevo apellido que añadir a los anteriores.

Integran la Cofradía todos los descendientes varones de aquellos, mayores de catorce años, eclesiásticos y seculares. Desde las Constituciones de 1731 quedan excluidos los religiosos profesos. La Cofradía está constituida y gobernada democráticamente, regida por una Junta de Gobierno compuesta por un preboste, dos mayordomos, un contador ordinario y un notario o escribano, todos ellos cofrades. Participan todos los hermanos eclesiásticos que hubiere y dos hermanos representativos de cada familia, de aquellas citadas más arriba.

Además de los citados, había otros empleos: el nuncio o avisador, que deberá ser cofrade, y un contador práctico o procurador, ajeno a la Cofradía, que se encargará de llevar las cuentas. Esta última figura, con el tiempo, pasará a ser el administrador, tal como se le conoce actualmente.

El máximo responsable de la marcha del Hospital fue siempre el preboste de la Cofradía, que además de ostentar la dirección tenía la obligación de inspeccionar su funcionamiento, función fiscalizadora que compartía con la Junta de Gobierno. Esta última es la que debía nombrar los cargos de médico, cirujanos, boticarios y hospitalero.

La Junta de Gobierno se encargaba de la recaudación de rentas, censales, frutos y emolumentos de los bienes de su propiedad (especialmente fincas) que son arrendadas a los cofrades y que hace unos años parte fueron vendidas a sus arrendatarios, y velar por la buena asistencia de los enfermos, en el Hospital de la Cofradía hasta que éste prestó servicios médicos ( 1979 ).

Entre las obligaciones que tienen los hermanos cofrades hay que destacar: acudir a la misa de difuntos, que cada año se celebra en la capilla del Hospital, y asistir a la Junta General o de Sitio, el día 24 de junio, donde se hace la elección de cargos y oficios, que lo serán por un año, aunque la mayoría de veces se suelen reelegir por un periodo más largo en el tiempo. La asistencia a la Junta es gratificada con el equivalente al valor de una media de trigo. Antiguamente y ahora el preboste invita a un refresco a los asistentes.

En 1869, la Junta puso a disposición del Ayuntamiento el salón donde celebraba sus sesiones para establecer allí una escuela elemental de niños, a la que se conoció como Escuela del Hospitalillo o Escuela Alta de La Correa. Su funcionamiento se prolongó a lo largo del siglo XIX y durante la primera mitad del XX, ya como escuela mixta. Cerrada alrededor de 1950, las alumnas fueron trasladadas al colegio de las Trancas (Sancho y Gil) y los alumnos al Ramón y Cajal.

Desde su fundación, y hasta la Constitución de 1735, estaba destinado a la asistencia de los hermanos cofrades que precisaran de atención médica. A partir de esa fecha la asistencia queda restringida para aquellos que fueran pobres de solemnidad. También se prestaba asistencia extra hospitalaria. Además se practicaba una amplia labor de beneficencia sobre pobres mendicantes transeúntes.

“ ...que las dichas casas se hayan de nombrar y se nombren el Hospital de la Cofradía de San Juan de los Labradores de la dicha ciudad de Calatayud, y tenga obligación dicha Cofradía poner encima de la Cruz del arco del portal mayor de dichas casas, una piedra en la cual sean hechas y esculpidas las Armas de los Pamplona, y debajo de dichas Armas quede y haya un título de letras esculpidas en dicha piedra que diga: ESTE ES EL HOSPITAL DE SAN JUAN DE LOS LABRADORES..” .

En 1934 Junta Provincial de Beneficencia clasifica el Hospital como Institución de Beneficencia Particular, adoptando la forma la forma jurídica de Fundación. El Hospital estuvo en funcionamiento hasta 1962, año en que recibió a su última enferma. Los servicios extra hospitalarios se mantuvieron hasta 1979.

La Cofradía y Hospital con su gobierno y administración sigue manteniendo unidos los lazos de hermandad de estas familias, como así ha sido en sus casi mil años de existencia.