La documentación conservada de los siglos medievales hace referencia especial a las rivalidades con Santa María, alegando mayor antigüedad.  Entre estas rivalidades figura un pleito de 1335 entre los cabildos de Santa María y San Andrés acerca del desagüe de las aguas de lluvia procedentes de la judería de que bajaban por la actual cuesta de Santa Ana, del que se deduce que había un cementerio ante la puerta principal de San Andrés, que entonces estaba a los pies.

Cuando el 11 de julio de 1456 Farax el Rubio y Brahem el Rubio, moros, maestros de obra, contratan con los parroquianos de la iglesia de San Juan de Vallupie la fábrica del cimborrio, se acuerda que sea como la de la iglesia de San Andrés. Este cimborrio desaparecería, siendo sustituido por la actual cúpula.

El 2 de febrero de 1508 los vecinos y parroquianos de San Andrés de Calatayud dan poder a los procuradores para hacer construir un campanar y  campanas para dicha iglesia. A esta fecha responde el actual cuerpo de campanas.

La piqueta destructora del nefasto siglo XIX amenazó también a esta iglesia. El 10 de marzo de 1870 el ayuntamiento de Calatayud solicitó permiso para derribar los templos de San Miguel y de San Andrés, debido a su mal estado de conservación, pero la Diputación ordenaba conservar la torre de San Andrés y reforzarla con un entramado de madera a cargo del erario municipal.
El templo se declaró de interés histórico artístico el año 1966.

DESCRIPCIÓN ARTÍSTICA:

La fábrica de la iglesia, tal como se conserva en la actualidad, acusa varias reformas y ampliaciones a la estructura mudéjar originaria. Es una iglesia de tres naves, con crucero no acusado en planta, cuyo testero inicial ha desaparecido con la ampliación del siglo XVI.

Las tres naves de distinta altura, van cubiertas con bóvedas de crucería simple de nervios diagonales, cuya sección da triple baquetón. Los pilares que separan la nave central de las colaterales, han sufrido varios revoques y añadidos de consolidación, por lo que su estructura aparece totalmente enmascarada. Los arcos formeros son apuntados, con su intradós plano, sin moldura. A esta descripción de la fábrica mudéjar del siglo XIV, corresponden solamente los cuatro primeros tramos, exceptuando el cuarto de la nave central, que ha visto sustituido el cimborrio mudéjar ya mencionado por una cúpula oval, sin tambor y totalmente ciega.

La ampliación del siglo XVI se hizo hacia la cabecera, con un tramo más en las naves laterales y dos en la central, por lo que resulta un templo con doble crucero no acusado en planta. Las bóvedas de esta ampliación son de crucería estrellada, terceletes y combados, apeando el crucero en un orden colosal de columnas toscanas.

De las cuatro capillas laterales que se conservan en la actualidad, dos son de la primera fábrica mudéjar: el baptisterio de planta octogonal en la base de la torre, y la contigua de planta rectangular cubierta con crucería simple, las otras dos restantes van cubiertas, la de la izquierda del crucero con bóveda estrellada y la de la derecha con cúpula sobre pechinas del siglo XVIII.

La puerta primitiva, a los pies, ya citada, está cegada y el acceso actual se efectúa por dos puertas laterales.

EL RETABLO MAYOR es de escultura, en cuyo banco hay dos relieves con San Marcos y San Lucas mientras que los otros dos Evangelistas han sido sustituidos por dos santos. En las calles laterales los Padres de la Iglesia Occidental. En la calle central el lienzo primitivo ha sido sustituido por una escultura de San Andrés actual. En el ático un lienzo de la Inmaculada de bella factura, de comienzos del siglo XVIII.

TORRE DE SAN ANDRÉS

Como es bien patente, desde un punto de vista estructural, las torres de Santa María y de San Andrés, que han seguido una evolución pareja, fruto de las rivalidades y emulaciones de ambas parroquias, presentan sólo dos cuerpos, aunque en altura y por el exterior se hallan subdivididos en varios pisos más por impostas voladas.

El primer cuerpo de la torre de San Andrés corresponde al tipo de torre mudéjar constituida por dos torres, la exterior de mucho mayor grueso de muro envolviendo a la interior, que en realidad es una falsa torre, ya que su grosor es de 30 cms., no tiene otra función que la de servir de apeo para el desarrollo de las rampas de escaleras entre ambas torres. La torre interior no se halla dividida en estancias, en altura, sino que está hueca por completo y cabalga sobre una casamata, que permite habilitar bajo ella, en la planta, una capilla octogonal cubierta con bóveda de crucería, a la que se accede directamente desde el interior de la iglesia.

Por el exterior, presenta contrafuertes en sus ángulos (gráciles con un junquillo adosado), estando este cuerpo dividido en varios pisos mediante impostas voladas, y perdiendo base a medida que se asciende en altura. Estas características son las que corresponden según el estudio de Iñiguez, a las torres mudéjares aragonesas de época tardía, anulando la hipótesis de La Fuente de que pudieran pertenecer al siglo XIII, ni siquiera en su parte inferior.

Este primer cuerpo presenta vanos en arco apuntado, que no sirven para alojar campanas, sino para la iluminación de las rampas de escaleras, y que en esta torre están cerrados con celosías, dándole un aire más íntimo y recogido. En todo este cuerpo, el sistema de bovedillas de las rampas de escaleras es por aproximación de hiladas, una bovedilla por lado del octógono, según es frecuente en las torres mudéjares aragonesas.

Pensamos que entre este primer cuerpo, en el que aparecen elementos formales góticos, como es el arco apuntado para los vanos, y el segundo cuerpo de ambas torres, en el que los elementos formales son claramente renacentistas, como el arco de medio punto y los medallones decorativos, no hubo solución de continuidad, y en todo caso corresponden a un solo programa constructivo, si es que se dio alguna interrupción por motivos económicos. Esta interrupción se aprecia por el interior, en la parte superior del primer cuerpo de la torre de San Andrés. El segundo cuerpo tiene una estructura diferente al primero, ya que presenta, como es lógico, una sola torre, hueca en todo su interior, y está destinado a servir como cuerpo de campanas, coincidiendo con la estructura tradicional de este cuerpo de campanas en el siglo XVI en Aragón.

Documentalmente nos consta que el cuerpo de campanas de la torre de erigió a fines de la primera década del siglo XVI.