Sabemos que durante la Edad Media, junto con el templo de San Andrés, sirvió como lugar de reunión del Concejo, hasta que se construyó la primera casa consistorial en el renacimiento. Hay noticias de que en su portada hubo reuniones para administrar justicia. El brazo militar de la ciudad celebraba sus reuniones en el claustro, varias veces bajo sus bóvedas se reunieron las cortes aragonesas. A finales del siglo XIV Don Martín el Humano reunió al concejo de Calatayud y a los procuradores de las aldeas de su comunidad a fin de poner término a las diferencias que ensombrecían la comarca, que en alguna ocasión la ensangrentaron. En 1411 se reunió el parlamento, con representantes de los tres reinos, que debía resolver la cuestión sucesoria planteada por la muerte de Don Martín I, que posteriormente se resolvería en el Compromiso de Caspe. En 1461 Juan II había reunido cortes en este templo y, al llegar la noticia de la muerte del príncipe de Viana, fue jurado heredero de la corona el príncipe Don Fernando, el día 11 de octubre de 1461, tras el acatamiento de los fueros aragoneses. También se firmó la Carta de Calatayud en 1481, entre los Reyes Católicos y Fernando de Guanarteme, por la que los reinos canarios se incorporan a la Corona de Castilla.

La torre de esta iglesia sirvió en la guerra de los dos Pedros como atalaya para vigilar los movimientos del enemigo y coordinar la defensa de la ciudad. El sonido de su campana mayor llamaba a los adelantados (100 vecinos armados para la conservación del orden), avisaba a la población, ordenaba ataques, tocaba a rebato…., cuando no llamaba a oración o pregonaba las festividades más solemnes.

En 1840 se desmochó esta torre con el pretexto de que, debido a su inclinación, peligraba la vida de Isabel II  y dañar a la familia real hospedada en el palacio del Barón de Warsage situado frente al templo.

El 29 de septiembre de 1874, sub tener en cuenta los valores artísticos, históricos y religiosos, fue vendida a consecuencia de la desamortización, pero al restaurarse la monarquía y el cambio de política que eso supuso se abrió de nuevo al culto al año siguiente.

La iglesia ha fue declarada Monumento de Interés Histórico-Artístico con fecha de 1931.

En el año 1978 se constituyó formalmente en este templo la Diputación General de Aragón, hecho histórico importante y relevante ya en época Contemporánea, desde esa fecha hasta el año 2006 San Pedro de los Francos ha estado cerrada, se finalizó la restauración en la mencionada fecha y actualmente es un aula cultural, dedicada para actos culturales como pueden ser: conciertos de órgano, exposiciones de cuadros, congresos, conferencias….

ARQUITECTURA

En la descripción artística, podemos decir que la iglesia es de estilo gótico, del año 1300, posee una planta de tres naves, casi de la misma altura, con crucero no acusado en planta y con triple ábside poligonal en el testero. La nave central, es de casi doble anchura que las laterales, hallándose separada de éstas por columnas fasciculadas. Cubren las tres naves bóvedas de crucería simple, de nervios diagonales. Las bóvedas de los ábsides laterales tienen doble clave, mientras que en el ábside central los nervios confluyen en una clave común.

Los capiteles de las cuatro grandes columnas fasciculadas carecen de decoración vegetal de cardinas, siendo de una extraordinaria sobriedad al presentar un perfil tronco cónico invertido y liso, que puede relacionarse con los capiteles del claustro de Santa María de Calatayud.

En la portada, a los píes del templo se utiliza como material la piedra sillar, es de tipo gótico levantino, muy sobria, abocinada y formada por seis finos baquetones. Adosados a las jambas y bajo doselete, las esculturas de San Pedro y San Pablo y en el tímpano Cristo en Majestad acompañado por la Virgen y San Juan.

Estas esculturas, de cierta pesantez y frontalidad, se relacionan con la estatuaria gótica aragonesa de la segunda mitad del siglo XIV.

Para la protección de las aguas de lluvia un alero muy volado descansa sobre nueve apeos de los llamados de quilla de proa figurando cabeza humana, elemento desarrollado a fines del siglo XIV y primera mitad del siglo XV.

A los pies de la iglesia, adyacente a la portada, en su lado Sur, se levanta la torre de planta cuadrada cuya estructura es la característica de las torres mudéjares aragonesas de fines del siglo XIV y primera mitad del XV: se trata de una torre exterior envolviendo a un machón central totalmente macizo, desarrollándose entre ambos el cuerpo de escaleras cuyo sistema de bovedillas cierra por aproximación de hiladas de ladrillo. El interior de la torre se ilumina con estrechas ventanas cerradas por aproximación de hiladas, pero sin derrame ni interior ni exterior.

La parte desmochada de la torre sería lo más airoso de ella.

La iglesia tuvo un claustro mudéjar de planta cuadrada cuyas alas tenían cinco tramos cubiertos con bóveda de crucería simple, similar al del Santo Sepulcro.

En el interior del templo lo más destacable:

El retablo mayor, de escultura, es obra barroca del año 1669. Dedicado a San Pedro, consta de banco y tres calles separadas por columnas salomónicas de uvas, apeando las laterales sobre ángeles tenantes. En el banco, relieves con escenas del Lavatorio de los pies y Entrega de las llaves a San Pedro. En la calle central, San Pedro en la cátedra.

El píe de órgano, de finales del siglo XV, extraordinaria obra de carpintería mudéjar del taller de Calatayud, cuyos motivos decorativos se relacionan con las yeserías de la bóveda de la capilla lateral de Nuestra Señora de la Peña. Tal vez se relacione con la presencia en Calatayud del organero Miguel de Monreal, activo hacia 1498-1499 y que construyó, como documentalmente consta, un órgano para Santa María.