Parte de la decoración no se había terminado y la torre de la misma se edificaría más tarde entre 1774 y 1777, al estilo mudéjar que imperaba en la ciudad, por Mosén José Jimeno de Ateca. Se halla situada en la cabecera, al este del presbiterio, se compone de tres cuerpos; el primero de planta cuadrada de paredes lisas, sin ornamentación alguna; el segundo ligeramente ochavado, con decoración de pilastras enmarcando vanos rematados por frontones curvos; el tercero de campanas, tiene decoración de ladrillo. Remata la torre un chapitel bulboso. Esta torre, más sobria en su decoración de ladrillo que las mudéjares de Santa María y San Andrés, no cede en gallardía y prestancia ante ellas.

El templo de estilo Barroco-Jesuítico es de planta en cruz latina y capillas en los contrafuertes comunicadas entre sí, sobre las que descansa una tribuna abierta a la Nave central por medio de ventanas con dos arcos de medio punto separados por un Parteluz.

Tanto la Nave central como ambos brazos del crucero se cierran en bóveda de Lunetos, decorados con motivos vegetales muy recargados y de cuyo centro penden angelitos.

El presbiterio es de cabecera recta y se cubre con una bóveda a modo de gran concha o venera, al estilo francés. El retablo del Altar es de manufactura bilbilitana, por Gabriel Navarro, estos se hacían aquí en Calatayud por encargo y fueron cubriendo muchas de las iglesias de todo Aragón.

PECHINAS DE GOYA

El crucero se cierra con cúpula de linterna, sobre pechinas, que están decoradas con pinturas al óleo sobre lienzo pintadas por Francisco de Goya en 1766, cuando contaba veinte años de edad. Representan los cuatro Padres de la Iglesia occidental: San Agustín y San Ambrosio, obispos, San Jerónimo cardenal, y el papa San Gregorio, el Magno.
Pinturas que, sin lugar a duda, deben considerarse como la primera obra maestra de Goya. Oscurecidas por distintos factores hasta casi hacerlas desaparecer, las pinturas bilbilitanas han pasado desapercibidas durante generaciones.

En  1762 el rector y administradores del Colegio de Nobles bilbilitano invitan a Francisco Bayeu a desplazarse a Calatayud con el objeto de encargarle las pinturas de las pechinas de su iglesia. En esta visita se decidió el procedimiento pictórico a usar en su ejecución, que no fue el fresco tradicional ni la pintura al temple directa sobre el muro, sino sobre un entablado acoplado al muro, sujeto con pernos y finalmente recubierto con lienzo pegado a las tablas con cola. Este encargo queda relegado ya que Francisco Bayeu es llamado por Mengs como colaborador, por lo que se traslada a Madrid con su familia en junio de 1763.

Ante la imposibilidad de pintar personalmente el encargo, Francisco Bayeu lo trasfiere el joven Goya al que considera preparado. Bayeu pasa a Goya los "modellini” que había pintado para otro encargo, con el fin de que le sirvieran de orientación y Goya efectúa una copia de los mismos. A la realización final Goya aporta su sello y fundamentalmente una mayor carga expresiva, paleta más oscura y ejecución fresca, casi abocetada, que se convertirá desde entonces en una constante del estilo tan personal de Goya. Y hoy, después de una acertada restauración, se admiran de nuevo unas pinturas geniales que preconizan a una edad temprana del pintor, su gran maestría y genio.

Al crucero y al presbiterio abren amplias celosías voladas sobre un basamento rococó. En ambos laterales del crucero colgaban dos cuadros de gran tamaño con interesantes pinturas del maestro de Goya, Joseph Luzán.  Se conserva todavía uno de ellos que representa a la “inmaculada concepción”. El que hacía par, tenía como advocación mariana “La Santísima Madre de la Luz”; posteriormente lo considerarían las autoridades eclesiásticas como una heterodoxia jesuítica, se retiró del marco y fue destruido. El  marco se reutilizó y hoy muestra una imagen de San Juan.

El óculo que abre a los pies se halla oculto tras un magnífico órgano, en una espléndida caja barroca de considerables dimensiones y rica talla del s. XVIII, que se ha restaurado recientemente. Desde hace varias décadas, y siempre de una manera oral, se ha comentado que el actual órgano de San Juan el Real “lo habían traído de fuera”, tal vez a finales del siglo XIX o comienzos del siglo XX. Una anotación más fiable la tenemos en una ficha de catalogación  realizada por el organero Gerhad de Graaf hace unos treinta años, donde se anota: “Dicen que este órgano lo han comprado en San Sebastián y que el viejo lo han vendido a Moros”. La pista del órgano primitivo de la iglesia de San Juan la perdemos en la parroquia de Moros ya que en ella hubo un incendio devastador y arrasó todos los bienes muebles.

Al exterior la fachada, realizada en ladrillo sobre zócalo de sillería, como el resto del templo, está dividida en dos cuerpos rematados en su eje central por un frontón curvo y otro triangular. Además, las cornisas y los pináculos con remates de bolas y labrados en piedra caliza blanca, contrastan cromáticamente con el conjunto de planos resaltados de ladrillo rojo.

La puerta de acceso procede de un templo anterior, “San Salvador”, dadas sus características renacentistas. Consta de dos columnas abalaustradas, de orden jónico que apoya sobre el basamento y una hornacina con una estatua de San Juan sobre el dintel que las cierra (1774-77). También encontramos el escudo real de Fernando VI.

Cabe destacar el Museo de la Parroquia, instalado en su sacristía, donde podemos observar grandes muestras del barroco español de los siglos XVII y XVIII.